Pembenahan masjid dan pembenahan gedung memang sudah menjadi hal yang wajib dilakukan sebagai wujud penyambutan untuk santri baru. Yang berlangsung pada 30 mei 2016.
Pengecetan ini dilakukan agar terlihat lebih indah dan lebih cantik, dan warna hijau adalah warna pilihan untuk mewarnai masjid, dan menyesuaikan pada bangunan-bangunan yang berada di dalam pondok pesantren al-manshur darunnajah 3.
Warna hijau yang terlihat diseluruh bangunan menambah keasrian area pondok, yang membuat santri mempunyai fikiran positif ketika berada di dalam pesantren ini. Karna warna hijau dapat memberi pencitraan hal yang positif kepada batin seseorang yang akan membantu penjernihan pikiran.
Pembenahan dalam pengecatan masjid ini dilakukan selama beberapa hari. Pembenahan akan terus dilakukan menjelang tahun ajaran baru, dimana akan berdatanganya santri baru yang akan bermukim di Pondok Pesantren Al-Manshur darunnajah 3.
