Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Darunnajah berdiri pada tanggal 3 Agustus 1986, dengan nama Ma’had ‘Aly, dengan spesialisasi (jurusan) Syari’ah. Program tersebut awalnya dibangun untuk para alumni Pondok Pesantren Darunnajah agar bisa melanjutkan serta memperdalam pengetahuan di bidang kajian syari’ah.

Seiring dengan ketentuan sistem pendidikan nasional, nama tersebut kemudian berganti Sekolah Tinggi Ilmu Syari’ah (STIS) Darunnajah, yang sebelumnya pernah bernama Institut Agama Islam Darunnajah (IAID).

Dengan perkembangan minat calon mahasiswa baru yang saat itu tidak hanya berasal dari alumni Pondok Pesantren Darunnajah, STIS Darunnajah membuka jurusan baru yaitu Pendidikan Bahasa Arab dan Kependidikan Islam, yang secara otomatis STIS Darunnajah berganti nama Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Darunnajah.

STAI Darunnajah dipersiapkan untuk mengembangkan kualitas sumber daya manusia (SDM) pada tingkat universitas yang mampu menjawab tantang global di era teknologi informasi, serta perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi modern yang tetap berpegang kepada prinsip-prinsip dasar agama.

Alumninya tersebar di seluruh Indonesia, diantara alumni ada yang melanjutkan pendidikannya di dalam negeri dan ada juga melanjutkan pendidikannya ke luar negeri seperti Arab Saudi, Mesir, Turki, Pakistan, Maroko, Malaysia, Singapura, Jepang, Australia, Amerika, Inggris,

Sejak tahun 2000 hingga 2021, Yayasan Darunnajah sudah memiliki 3 Sekolah Tinggi, yaitu STAI Darunnajah Jakarta, STAI Darunnajah Bobor, dan STIE Darunnajah Jakarta.

Pada tanggal 22 Juni 2022, Yayasan Darunnajah resmi menerima SK Pendirian Universitas yang diterbitkan oleh kemdikbudristek yang diserahkan melalui LLDIKTI III.

Universitas Darunnajah hingga saat ini telah membuka 10 Program Studi dinaungi oleh 3 Fakultas :

A. Fakultas Agama Islam
1). Program Studi Hukum Keluarga Islam,
2). Program Studi Manajemen Pendidikan Islam,
3). Program Studi Pendidikan Islam Anak Usia Dini, dan
4). Program Studi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah

B. Fakultas Bisnis
1). Program Studi Administrasi Bisni,
2). Program Studi Bisnis Digital,dan
3). Program Studi Kewirausahaan.

C. Fakultas Sains & Teknologi
1). Program Studi Rekayasa Perangkat Lunak
2). Program Studi Sistem & Teknologi Informasi, dan
3). Program Studi Sains Aktuaria