Sebuah Pondok Pesantren yang maju sangat memperhatikan mutu pendidikan dan pengajaran yang di terapkan di dalamnya,sistem pendidikan dan pengajaran yang ada di pesantren Annakhil Darunnajah VI ini di bagi menjadi dua bagian.
PERTAMA pendidikan formal,yaitu Tarbiyatul mu’allimat/Wamu’allimat Al-Islamiyah selama Enam tahun dengan mengikuti ujian Tsanawiyah pada tahun ke tiga dan ujian Aliyah dan SMK pada tahun ke Enam.
KEDUA pendidikan nonformal sebagai pengunjung pendidikan formal.
1.KURIKULUM
Kurikulum yang di gunakan Darunnajah yaitu perpaduan antara kurikulum Pondok Pesantren Gontok,kurikulum Depan dan Diknas,di tambah pelajaran kitab kuning.sedangkan sedangkan Bahasa pengantar di dalam kelas adalah Bahasa Arab untuk pelajaran Agama dan Bahasa Arab,dan Bahasa Inggris untuk pelajaran Bahasa Inggris.Untuk pelajaran umum lainya di gunakan Bahasa Indonesia.
2.KETERAMPILAN
Pondok Pesantren Annakhil Darunnajah VI menyadari bahwa kelak santrinya akan menjadi bagian dari masyarakat yang menduduki lapisan Pemimpin juga Da’i dan Da’iyah.
