Sebuah Pondok Pesantren yang maju sangat memperhatikan mutu pendidikan dan pengajaran yang di terapkan di dalamnya,sistem pendidikan dan pengajaran yang ada di Pondok Pesantren Annakhil Darunnajah VI ini di bagi menjadi dua bagian.
PERTAMA Pendidikan formal,yaitu Tarbiyatul Mu’alimin/Walau’kalimat Al-Islamiyah selama Enam tahun dengan mengikuti Ujian Tsanawiyah pada tahun ketiga dan ujian Aliyah dan SMK pada tahun ke Enam.
KEDUA Pendidikan nonformal sebagai pengunjang pendidikan Formal.
1.KURIKULUM
Kurikulum yang di gunakan Darunnajah Annakhil yaitu perpaduan antara kurikulum Pondok Pesantren Gontor,kurikulum Depan dan Diknas,di tambah pelajaran Kitab Kuning.Sedang kan Bahasa pengantar dalam kelas adalah BahasaArab untuk Pelajaran Agama dan BahasaArab,dan Bahasa Inggris untuk pelajaran Bahasa Inggris.Untuk pelajaran umum lainnya di gunakan Bahasa Indonesia.
2.KETERAMPILAN
Pondok Pesantren Annakhil Darunnajah VI menyadari bahwa kelak santrinya akan menjadi bagian dari Masyarakat yang menduduki lapisan Pemimpin juga Da’i dan Dia’iyah yang terampil,maka di selenggarakan keterampilan ,di antaranya sebagai berikut:
1.Berorganisasi.
2.Pramuka.
3.Koperasi.
4.PPM(Praktek Pengabdian Masyarakat).
5.Amaliyah Tadris
6.Olah raga.
7.Muhadoroh.
8.Komputer.
9.Paskibra.
10.Tapak suci.
11.Tahfizul Qur’an.
12.Kitab kuning.
3.IBADAH AMALIYAH
Untuk meningkat kan kepribadian dan pendekatan diri kepada Allah SWT,maka para santri di wajib kan untuk menambah hafalan dari sebagain Ayat-ayat suci Al-Qur’an,Do’a-do’a dan bacaan lainnya serta praktek-praktek ibadah lainnya.
4.BAHASA ARAB DAN BAHASA INGGRIS
Pada Zaman ini kita di tutut untuk bisa menguasai bahasa selain bahasa Indonesia,seperti:Arab,Inggris,dan sebagainya.Dengan menguasai bahasa-bahasa tersebut kita akan mudah berkomunikasi dan pengembangan ilmu.
Seperti halnya Pesantren – pesantren Modern lainnya,Pondok pesantren Annakhil Darunnajah VI juga tidak mau ketinggalan.Bahasa Arab dan Bahasa Inggris adalah Bahasa yang di pakai dalam sistem pendidikan dan pengajaran dalam berkomunikasi sehari-hari.Dengan peraturan ini santri berusaha untuk bisa menguasai sedikit demi sedikit untuk menguasai dua bahasa resmi itu,dan apa bila santri melanggar peraturan atau memakai bahasa daerah atau bahasa indonesia maka akan kenak hukuman sama bagian BAHASA maka dari itu mari lah kita memakai bahasa arab dan inggris karena bahasa arab adalah Bahasa para penghuni syurga dan Bahasa inggris adalah Bahasa internasional.