Pondok Pesantren Darunnajah merupakan lembaga pendidikan yang begitu memperhatikan kehidupan santrinya. Seluruh kegiatan yang dilakukan santri selama di pondok mengandung unsur pendidikan. Santri dididik tidak hanya di dalam kelas, namun santri juga diberikan berbagai macam kegiatan ekstrakurikuler untuk mengisi waktu luang mereka.
Dari sekian banyak kegiatan ekstrakurikuler di Darunnajah, ada beberapa ekskul wajib dan ada juga kegiatan yang santri bebas memilihnya. Santri diharuskan mengikuti beberapa kegiatan di luar jam masuk kelas, seperti pramuka, latihan pidato atau muhadhoroh, tahsin qiraah setiap setelah shalat, serta kajian-kajian bagi santri senior.
Kegiatan tersebut dilaksanakan untuk melatih mental dan kepribadian santri, agar santri berani menyampaikan pendapat, mampu berkerjasama, terampil dan berpikir kritis.
Ada juga kegiatan ekskul yang yang bebas diikuti santri, seperti olahraga. Darunnajah menyediakan berbagai macam kegiatan olahraga untuk mengisi waktu luang santri, seperti sepak bola, futsal, basket, bola voli, bulu tangkis, berenang, memanah, rugby, bela diri, gymnastic, dan banyak lainnya.
Tidak hanya olahraga, santri juga bisa mengikuti ekskul kesenian seperti kaligrafi, band, hadroh dan marawis, angklung, teater dan sebagainya. Ada juga kegiatan pers dan jurnalistik, kursus bahasa, kursus computer, fotografi, kajian kutub turats dan beberapa ekskul khusus santriwati, seperti keputrian dan tata boga.
Kegiatan ekskul ini diurusi oleh santri-santri senior dan dibimbing oleh guru-guru. Tak jarang juga beberapa santri Darunnajah mengikuti lomba-lomba dalam berbagai bidang, baik antar pesantren maupun sekolah lainnya.
Darunnajah juga rutin mengadakan ajang bertajuk Darunnajah Open (DNO), sebuah perlombaan antar pesantren Darunnajah pusat dan cabang. Ada juga Pekan Olahraga, Seni dan Keterampilan (PORSEKA), sebuah kegiatan yanga diadakan setiap awal tahun untuk mengasah jiwa tasabuq atau berlomba-lomba dalam kebaikan.
Dengan berbagai macam kegiatan yang ada di Darunnajah, santri dituntut untuk tidak memiliki waktu kosong, yang menyebabkan santri tidak betah mondok. Selain itu, kegiatan ekskul turut melatih mental santri, seperti rasa berani, disiplin, tanggung jawab, berani berkompetisi, berpikir kritis, berbadan sehat, dan mampu bekerja sama, sehingga alumni Darunnajah tidak hanya tahu secara teori, namun memiliki life skill ketika hidup di masyarakat.
