Cikal bakal Pondok Pesantren Darunnajah berasal dari Madrasah Islamiyah di Palmerah tahun 1939 yang selanjutnya dikembangkan menjadi Pondok Pesantren di atas tanah wakaf seluas 5 hektar di Ulujami Jakarta Selatan sejak April 1974. Kini dikembangkan di bawah Yayasan Darunnajah dengan Badan tertinggi Dewan Nadzir.

Upaya pembinaan dan penataan terus dikembangkan dengan melakukan pembaharuan pada substansi pendidikan, metodologi, pengembangan sarana dan prasarana, serta perluasan fungsi pesantren, dari perkembangan pendidikan sampai pengembangan faktor sosial ekonomi.

Pesantren Al-Manshur Darunnajah 3 merupakan pesantren cabang ke-3 dari Pesantren Darunnajah Grup, Pesantren ini berdiri sejak tahun 1992 dan para alumninya sudah berkiprah di masyarakat. Adapun sistem pendidikan yang diterapkan di Pesantren ini adalah model Pesantren yang di dalamnya terdapat lembaga – lembaga pendidikan mulai dari tingkat Taman Pendidikan Al-Qur’an (TPQ), Madrasah Diniyah (MD), Madrasah Ibtidaiyah (MI) dan Tarbiyatul Mu’allimin/Mu’allimat  Al-Islamiyah (TMI).