Mempersiapkan pemimpin-pemimpin muslim yang luas pengetahuannya agamanya dan memiliki keterampilan merupakan salah satu dari misi/tujuan didirikannya pesantren Darunnajah Cipining. Para santri saat ini dididik dan dipersiapkan untuk menjadi pemimpin di masa mendatang yang cerdas dalam memecahkan berbagai macam persoalan yang muncul di tengah masyarakat. Yang dibutuhkan masyarakat saat ini (dan terlebih lagi di masa mendatang) adalah pemimpin-pemimpin luas ilmu pengetahuannya dan terampil, dengan tingkat ketakwaan serta kualitas keimanan yang tinggi.
Menjadi pengurus organisasi santri dan kepramukaan adalah keniscayaan bagi santri senior TMI Darunnajah Cipining (kelas V dan VI). Secara bergantian tongkat kepemimpinan tersebut setiap tahunnya diserahterimakan dari generasi ke generasi berikutnya. Kepengurusan organisasi tersebut terpisah antara santri asrama serta nonasrama, putra dan putri.
Rangkaian kegiatan pergantian pengurus tahun ini diawali dengan penjaringan bakal calon ketua organisasi dan pramuka. Acara ini dilangsungkan pada tanggal 18 Nopember 2007, dihadiri oleh pengurus lama dan dewan pembimbing dari jajaran biro pengasuhan santri. Kemudian dilanjutkan dengan sosialisasi bakal calon ketua melalui tulisan, poster dan pengumuman. Tahap berikutnya adalah pemilihan calon ketua organisasi santri dan pramuka oleh seluruh santri dan dewan guru TMI.
Pada acara pemilihan calon ketua yang berlangsung di gedung pertemuan Darunnajah Cipining pada tanggal 23 Nopember 2007, para calon ketua ditantang untuk menyampaikan visi dan misi mereka di hadapan para hadirin, sekaligus menjawab pertanyaan hadirin, termasuk dewan guru. Bertindak sebagai moderator dalam acara ini adalah Ustadz Syarqi.
Setelah terpilih ketua dan wakil ketua, program berikutnya adalah laporan umum pertanggungjawaban oleh pengurus lama di hadapan para calon pengurus baru dan seluruh santri tentang kinerja dan pelaksanaan program-program kerja selama setahun. Kegiatan ini akan dilaksanakan pada tanggal 15 Desember 2007 s.d 2 Januari 2008. Adapun pelantikan dan serahterima jabatan dilaksanakan pada tanggal 3 dan 4 Januari 2008.
Untuk membekali pengurus baru tentang keorganisasian dan kepemimpinan maka pada tanggal 5 dan 6 Januari 2008 diadakan pelatihan dasar kepemimpinan (LDK). Rangkaian kegiatan pergantian pengurus kemudian diakhiri dengan musyawarah kerja untuk membahas program kerja selama satu tahun ke depan bagi tiap-tiap bagian, dengan didampingi oleh guru pembimbing dan jajaran biro pengasuhan santri.