Pergantian pengurus dipesantren Darunnajah 9 dilakukan setiap 1 tahun sekali, pengurus pesantren atau biasa disebut dengan OSDN ini menjabat selama 1 tahun. Pengurus OSDN ini biasa dilakukan oleh santri kelas 5TMI.

Dipesantren ini harus diadakan yang namanya pengurus, karena para pengurus ini dapat merangkul semua santri-santri dan dapat membantu berjalannya kegiatan-kegiatan pondok. Dalam kepengurusan ini mereka akan dibagi menjadi beberapa bagian. Dari beberapa bagian tersebut ada bagian keamanan, bahasa, kesehatan, olah raga, dan lainnya yang dapat membantu berjalannya kegiatan pondok.

Pemilihan kandidat Ini dilakukan agar para calon ketua dapat bertanggung jawab sepenuhnya dan dapat menjadi ketua yang beramanah. pemilihan ini dilakukan perkonsulat setiap konsulat akan ada santri kelas 5TMI perwakilan kandidat sebagai calon ketua OSDN. Pemilihan kandidat ini diseleksi terlebih dahulu dengan konsulat-konsulat lainnya.

Para calon kandidat akan mengeluarkan visi dan misi mereka untuk pesantren. setiap calon kandidat mempunyai visi dan misi yang berbeda-beda untuk membangun organisasi yang lebih maju lagi.