Badan tertinggi Pondok Pesantren Darunnajah adalah Yayasan Darunnajah yang dibentuk pada tanggal 22 September 1986. Yayasan Darunnajah merupakan Badan Hukum yang menaungi seluruh organisasi yang berada dilingkungan yayasan maupun di lingkungan Pondok Pesantren. Badan Hukum ini terdiri dari;

Dewan Nazir

Dewan Nazir adalah mereka yang dipercaya oleh pendiri sebagai pembina dalam organisasi, terdiri dari 11 orang.

Ketua : KH Djamhari Abdul Jalal, Lc.
Sekretaris : Drs.H.Sofwan Manaf, M.Si.
Anggota : DR KH Abdullah Syukri Zarkasyi, M.A, Drs.KH. Mahrus Amin, H. Hadidi, SH, Drs.H. Azhari Baidhowi, H. Abdul Ghofur, Drs.KH. Mad Rodja Sukarta, Drs.H. Mahfudz Makmun dan Drs. H.M. Habib Chirzin
Pengurus Yayasan Darunnajah

Ketua Umum : H. Saifuddin Arief, SH, MH,
Sekretaris : Drs.H.Mustofa Hadi Chirzin dan H.Abdul Haris Qodir.
Bendahara : Drs.H. Bahruddin Moyensyah, M.M dan Hadiyanto Arief, SH, M.Bs
Pengawas : DR. H. Supriyadi Ahmad, M.A., Ir. H. Edi Sutaryadi Wariat dan Drs.H. Muhammad Thoha Rasyidi, Ak
Untuk Efektifitas kegiatan organisasi, yayasan dibantu oleh Bidang-bidang :

1. Bidang Pondok Pesantren

2. Bidang Perguruan Tinggi

3. Bidang Usaha dan Pengembangan Bisnis

4. Bidang Pemeliharaan dan Pengembangan Waqaf

Visi Misi didirikannya Darunnajah adalah :

Visi : Menciptakan kader ummat yang bertafaqquh fi ddin, bertaqwa kepada Allah SWT, berakhlak mulia berpengetahuan luas, terampil dan ulet yang tersebar di seluruh Indonesia.
Misi : Menciptakan lembaga – lembaga pendidikan Islam, Lembaga-lembaga dakwah, lembaga-lembaga pesantren yang tersebar di seluruh Indonesia.

Pondok Darunnajah Ulujami Jakarta

Pondok Darunnajah Ulujami Jakarta merupakan pusat kegiatan pesantren dan cabang-cabangnya. Pimpinan Pesantren dibantu oleh 5 (lima) biro yang bertugas merencanakan, melaksanakan dan mengevaluasi kinerja organisasi guna mengoptimalkan proses pendidikan dan pengajaran di pesantren

Biro Pendidikan, membawahi;
a. Kelompok Bermain
b. Taman Kanak-kanak (TK)
c. Taman Pendidikan Al-Qur’an (TPA-TKA)
d. Sekolah Dasar Islam (SDI)
e. Tarbiyatul Mu’allimin/at Al-Islamiyah (MTs, MAK, MAU dan SMA)
f. Lembaga Bahasa (LB) Arab dan Inggris
g. Perpustakaan dan laboratorium
h. Lembaga Ilmu Al-Quran (LIQ)
i. Darunnajah Computer Center
Biro Administrasi, Keuangan dan Usaha, membawahi:
a. Keuangan
b. Kesekretarisan
c. Publikasi dan Dokumentasi
d. Bidang-bidang usaha Darunnajah
Biro Pengasuhan Santri, membawahi:
a. Organisasi Santri
b. Keamanan Pesantren
c. Bimbingan dan Konseling
d. Musyrif
e. Bahasa
f. Marching Band Putri Darunnajah
Biro Rumah Tangga, meliputi:
a. Kesehatan
b. Kesejahteraan
c. Perawatan
d. Kebersihan
e. Pembangunan
f. Dapur Umum
g. Listrik dan Air
Biro Kemasyarakatan, mengelola:
a. Lembaga Dakwah dan Pengembangan Masyarakat (LDPM)
b. Peringatan hari-hari Besar Islam
c. Ashabunnajah dan Alumni
d. Ta’mir Masjid
e. Protokoler pesantren