Ekstrakurikuler adalah bentuk peningkatan minat bakat santri dalam bidang non-akademik. kegiatan-kegiatan yang diadakan di dalam pondok ini bukan semata-mata hanya untuk mengisi waktu kosong, melainkan untuk membentuk karakter santri dan membentuk dan menguatkan bakat yang telah mereka bentuk. Berikut adalah daftar ekstrakurikuler yang ada dalam pondok:
- Kursus Bahasa Asing: Bahasa Arab, Bahasa Inggris.
- Pramuka
- Olahraga: Sepak Bola, Futsal, Basket, Tapak Suci, Tenis Meja, Body Building, Bulu Tangkis, Rugby, Bola Voly, Gymnastic, Mountaineering.
- Kesenian: Gambar Karikatur, Kaligrafi, Marawis, Hadroh, Band, Marching Band, Angklung, Paduan Suara, Kerajinan Tangan, Menjahit, Qosidah.
- Jurnalistik: Cidokom Post, Reading Club (Book Store),
- Pengembangan Mental: Latihan Pidato 3 Bahasa (Indonesia,Arab,Inggris), Organisasi Santri, Praktek Mengajar, Latihan dasar Kepemimpinan, Praktek Pengabdian Masyarakat, Economy Study Tour, Keputrian.
- Teknologi: Multimedia, Robotic.