Di Custom House, pertama kali yang diperiksa adalah tas –tas, barang – barang yang tidak boleh dibawa ke pesantren seperti barang – barang elektronik semuanya kecuali hanya setrika saja, majalah – majalah yang bukan islami, kaos – kaos yang bertuliskan aneh – aneh pun ikut menjadi barang sitaan para ustadz, sebenarnya sih itu memang kesalahan para santri yang membawa barang – barang yang telah dilarang oleh para ustadz sebeum mereka pulang ke rumah mereka masing – masing.
Setelah itu pun custom house masih belum selesai masih ada pemeriksaan rambut dan juga pemeriksaan kuku oleh Ust. Ahmad Mustaghfirin, Ust. Agus Suhendi, dan juga Ust. Syukran Abdullah. Setelah pemeriksaan kuku para santri pun mencoret nama mereka masing – masing sebelum mereka keluar ruangan custom house.
Setelah itu para santri pun tidak boleh keluar asrama lagi hingga malam hari demi lancarnya proses filterisasi barang – barang yang dilarang untuk dibawa ke pondok. Namun menurut Ibnu Hadi Sudrajat, santriwan kelas III TMI Darunnajah, seharusnya setelah custom house para santri boleh untuk keluar asrama untuk menemui orang tuanya, dan agar para santri tidak membawa barang – barang yang dilarang agar gerbang NUSANTARA dijaga Ustadz.