Prinsip kemoderenan yang diikuti oleh Pondok Pesantren Darunnajah 2 Cipining Bogor adalah Al Muhaafadzatu ‘Alal Qadiimish Shaalih Wal Akhdzu Biljadiidil Ashlah artinya melestarikan nilai-nilai lama yang relevan dan mengadopsi teknik/metode baru yang lebih tepat guna serta efektif efisien.
Berdasarkan musyawarah evaluasi tahunan maka pada tahun pembelajaran sekarang ini ada beberapa perubahan :
Pertama, Musyawarah Pengurus Pesantren yang terdiri dari Pimpinan Pesantren, Para Pengawas Pesantren, Pembina Pesantren, Para Kepala Biro, Para Kepala Madrasah dan Asrama serta Kepala Program dan Bagian yang pada tahun -tahun sebelumnya dilakukan pada malam Rabu kini dilaksanakan pada Selasa pagi dari pukul 08.00 – 10.00 wib.
Kedua, Musyawarah mingguan seluruh guru dan administratur yang biasanya diadakan bakda Dhuhur kini dilakukan pada pukul 10.00 – 12.00 atau jam pelajaran ke lima dan keenam. Pada saat bersamaan dilakukan Latihan Muhadharah untuk seluruh santri dengan pendampingan dari pembimbing bagian pengajaran secara bergiliran. Bakda Dhuhur dilanjutkan dengan Musyawarah Guru Mata Pelajaran (MGMP) sesuai jadwal dari bagian kurikulum.
3. Adalah ustadz Deni Rusman yang didaulat menjadi Pemimpin Redaksi Warta Darunnajah (WARDAN) menggantikan ustadz Amin Songgirin, M.Ag yang kini berkhidmah di luar pesantren.
3. Ustadz Sopyan Tsauri Al Hafidz bertugas menggantikan ustadz Giyanto Ibnu Katsir Al Hafidz sebagai Kepala Asrama Tahfidz Putra. Ustadz Giyanto lebih fokus bertugas di TU Keuangan.
5. Ustadz Syaiful Bahri, S.Pd.I menajdi Kepala Bagian Ibadah dan Pengajaran menggantikan ustadz Kamilin yang sekarang dilibatkan memperkuat jajaran Biro Usaha.
6. Ustadz Abu Sobirin menggantikan ustadz Cahyono sebagai Penanggung jawab Wisma Tamu Darunnajah. Posisi ustadz Sobirin sebelumnya selaku Kepala Bagian Perpustakaan diisi oleh ustadz Abdul Hafidz.
(mr. mim).